Гуанидинтиоцианат используется в биомедицине, химических реагентах и т. д. Его можно использовать в качестве хаотропного агента и денатуранта для денатурации и расщепления клеток, экстракции РНК и ДНК, а также в качестве адсорбента DSSC для повышения скорости конверсии DSSC.